Pcr rflp là gì? Các công bố khoa học về Pcr rflp

Hai chủng phân lập của virus parvo ở chó (CPV) đã được tách từ các cá thể chó bị ảnh hưởng bởi tình trạng tiêu chảy xuất huyết nghiêm trọng. Tính đặc hiệu kháng nguyên loại 2b đã được dự đoán qua phân tích kháng nguyên với kháng thể đơn dòng và phân tích đặc điểm PCR với các mồi đặc hiệu loại. Tuy nhiên, phân tích trình tự của gen mã hoá protein vỏ nang đã tiết lộ hai sự thay đổi acid amin. Một trong những sự thay đổi này ảnh hưởng đến vị trí 426 (Asp thành Glu), tại một vị trí kháng nguyên chính của vỏ nang virus, xác định sự thay thế của một dư lượng độc nhất cho loại 2b của CPV. Sự thất bại của các phương pháp phân loại hiện có trong việc phân biệt biến thể kháng nguyên này đã được khắc phục bằng sự phát triển của một thử nghiệm RFLP.

Ba dạng nhiễm sắc thể của Anopheles gambiae s.s., được gọi là Bamako, Mopti và Savanna, đã được nghiên cứu bằng các phương pháp xét nghiệm PCR phân tích dựa trên phân tích DNA ribosome liên kết X (rDNA). Nghiên cứu được thực hiện trên một đoạn 1.3 kb chứa một phần của vùng mã hoá 28S và một phần của vùng đệm giữa các gen. Vật liệu được khuếch đại đã bị cắt với mười bốn enzyme hạn chế để phát hiện các đa hình chiều dài đoạn hạn chế (RFLPs). Các enzyme Tru9I và HhaI đã tạo ra các hình thái dải DNA phân biệt Mopti với Savanna và Bamako; hơn nữa, một hình thái 'lai' riêng biệt được nhận diện trong thế hệ con F1 nữ từ cuộc lai giữa Mopti với một trong hai dạng nhiễm sắc thể còn lại. Ý nghĩa chuẩn đoán của xét nghiệm PCR‐RFLP đã được kiểm chứng trên 203 con cái kiểu nhân thể từ các mẫu trường được thu thập tại hai làng ở Mali và một làng ở Burkina Faso. Sự đồng thuận được quan sát giữa phân loại nhiễm sắc thể và phân loại phân tử. Không có hình thái phân tử 'lai' nào được phát hiện ngay cả trong số những cá thể mang kiểu nhân thể hiếm gặp có thể được sinh ra từ giao phối giữa Mopti và Savanna. Kết quả khẳng định các quan sát trước đó chỉ ra sự cản trở dòng gen trong An. gambiae s.s. và khẳng định tình trạng cụ thể của các đơn vị phân loại được đề xuất dựa trên cơ sở di truyền nhiễm sắc thể.

Abstract: We previously developed a new technique for HLA class II genotyping by digestion of polymerase chain reaction‐amplified genes with restriction endonucleases (PCR‐RFLP method). This PCR‐RFLP method is an efficient and convenient typing technique for class II alleles. However, small fragments or bands located close to each other on polyacryl‐amide gels sometimes prevent precise analysis of the RFLP bands. Furthermore, the restriction enzymes we have reported in the previous papers are not sufficient to identify the genotypes of all heterozygous individuals. Here, we report an improved PCR‐RFLP method using some informative restriction enzymes which have either a single cleavage site or, alternatively, no cleavage site in the amplified DNA region, depending on the HLA alleles, making reading of RFLP band patterns much easier. Each second exon of the HLA‐DQA1 or ‐DPB1 gene was selectively amplified from genomic DNAs of 70 HLA‐homozygous B‐cell lines and 100 healthy Japanese by PCR. Amplified DNAs were digested with restriction endonucleases and then subjected to electrophoresis assaying simply for cutting, or no cutting, of the DNA. ApaLI, HphI, BsaJI, Fokl, MboII and Mnll can discriminate eight alleles of the DQA1 gene. Similarly 19 alleles of the DPB1 gene can be discriminated with Bsp1286I, Fokl, Ddel, BsaJI, BssHII, Cfr13I, Rsal, EcoNI, and AvaII enzymes. This modified PCR‐RFLP method can be successfully applied to heterozygotes. Thus, the method is technically simpler and more practical for routine HLA typing work than our previous PCR‐RFLP method.

We have previously identified an allele of the human SP‐A2 gene that occurs with greater frequency in an RDS population [12]. Because of the importance of SP‐A in normal lung function and its newly emerging role in innate host defense and regu‐lation of inflammatory processes, we wish to better characterize genotypes of both SP‐A1 and SP‐A2 genes. It has been determined that SP‐D shares similar roles in immune response. Therefore, in this report we 1) describe a novel, non radioactive PCR based‐cRFLP method for genotyping both SP‐A and SP‐D; 2) describe two previously unpublished biallelic polymorphisms within the SP‐D gene; 3) present the partial sequence of one new SP‐A1 allele (6A¹⁴) and describe other new SP‐A1 and SP‐A2 alleles; and 4) describe additional methodologies for SP‐A genotype assessment. The ability to more accurately and efficiently genotype samples from individuals with various pulmonary diseases will facilitate population and family based association studies. Genetic poly‐morphisms may be identified that partially explain individual disease susceptibility and/or treatment effectiveness.

Abstract: We previously introduced HLA‐DQA1,‐DPB1 and DQB1 genotyping with the modified PCR‐RFLP method using some informative restriction enzymes which have either a single cleavage site or alternatively no cleavage site in the amplified DNA region, depending on the HLA alleles, making reading of RFLP band patterns much easier. In this study, 43 HLA‐DRB1 alleles, excluding DRB1*1103 and *1104 for which no restriction enzymes are available to distinguish each from the other, could be defined by this modified PCR‐RFLP method combined with 7 pairs of group‐specific primers. It is impossible to distinguish DRB 1*0701 and DRB1*0702 as they are identical for the second exon of DRB1. For DRI‐DRB1, DR2‐DRB1, DR4‐DRB1, DR7‐DR1, DR9‐DRB1, DRw10‐DRB1 or DRw52 associated antigens (DR3, w11, w12, w13, w14, and DRw8)‐DRB1 gene amplification, the second exon of the DRB1 gene was selectively amplified using each group‐specific primer from genomic DNAs of 70 HLA‐homozygous B‐cell lines and healthy Japanese by PCR. Amplified DNAs were digested with restriction endonucleases and then subjected to electrophoresis assaying simply for cutting, or no cutting, of the DNA, although some alleles can be distinguished only after examination of RFLP band patterns generated and in some cases using double digestion technique with two restriction enzymes. This modified PCR‐RFLP method can be successfully applied to all possible DRB1 heterozygotes, despite the fact that 15 pairs of heterozygotes among them cannot be distinguished theoretically by the PCR‐SSO method, because the PCR‐RFLP method can tell whether two polymorphic sites are linked to each other (cis position) or located on a different chromosome (trans position) by checking the length of RFLP bands generated with double digestion. Thus, the PCR‐RFLP method is technically simple, practical and inexpensive for determination of the HLA‐DRB1 alleles for routine HLA typing work.